France Cichlid Forum

Dernier message de la page précédente :

Philippe.HOTTON a écrit :

Hulk a écrit :


Flep en voit beaucoup dans ses délires éthyliques, mais roses et avec des ailes dans le dos.

Des Flamands ????

Je ne savais pas que tes compatriotes étaient gays et savaient voler... Mais tu voulais peut-être parler des flamanTs (phénicoptéridés).



Et les Wallons? Ils sont noirs avec des ailes de chauve-souris?

Hulk a écrit :




Et les Wallons? Ils sont noirs avec des ailes de chauve-souris?

Touche pas aux Wallons! sinon tu vas voir ta gueule à la récré.

Philippe.HOTTON a écrit :
Touche pas aux Wallons! sinon tu vas voir ta gueule à la récré.

T'aar' ta gueule à la récré... C'est toi qui pousses le Souchon un peu trop loin, Klatchu (orthographe TRES approximative).



Désolé pour les autres intervenants qui essayent de rester sérieux, mais comme on est arrivé à un quasi-consensus, je ne vois rien à ajouter (mais on peut toujours parler de proboscidiens).

[ Ce Message a été édité par: Hulk le 20-03-2003 13:04 ]

Bonjour

STC a écrit:

"en prenant un marqueur ADN, on peut lui faire dire n'importe quoi ou presque."

Je passe sur cette nouvelle provocation inutile. Tu parles d'un consensus.....









"Quels sont les critéres de choix d´une séquence ADN pour une étude donnée ?"











Tout les gènes n'accumullent pas à la même vitesse les mutations. Certains gène, peu contraint par la sélection naturelle, accumulle rapidement les mutations, ils changent vite. Ils sont donc commode pour résoudre des relation de parenté récente, entre des espèces très proche. Et inversément pour des espéces ayant divergé a priori il y a longtemps. Malheureusement pour les cichlidés les divergences sont souvent trop récente et on a du mal à trouver des gènes donnant le bon signal. On progresse par tatonement, mais si on prends l'exemple des cichlidé du Victoria qui est un vrai casse tête, on commence à avoir un aperçus assez fiable de l'histoire évolutive.





"Qu´est- ce qu úne "sonde" ?





C'est une mauvaise traduction* du mot "primer" en Anglais qui consiste en un court fragment d'ADN synthétisé chimiquement que l'on utilise pour amplifier (=faire plein de copie) d'un gène d'une manière spécifique. Ainsi on peut amplifier spécifiquement le gène codant pour le cytochrome b ou l'ADN ribosomal. Ces gènes sont séquencés ensuites.



A+

John

* : on devrait utiliser le mot "amorce" et non "sonde" qui est la traduction en Anglais de "probe". Les sondes sont utilisées en biologie moléculaire pour autres choses.













[/quote]

John78 a écrit :


Je passe sur cette nouvelle provocation inutile. Tu parles d'un consensus.....

Gentille provoc, j'avoue. geneticien de formation, je n'ai pas pu resister :wink:.



J'ai certainement trop simplifié mes propos sur "faire dire n'importe quoi a une sequence ADN". N'empeche que les modes operatoires et le choix des primers sont des points essentiels. J'ai souvenir d'une certaine amplification d'ADN via PCR qui donnait des resultats fantastiques et inespérés... sauf qu'il s'agissait de faux positifs (avec des temoins positifs et negatifs OK). Dommage et fortement pregidiciable lorsque ces resultats ont ete publiés au préalable dans une grande revue de genet... SIC !

Tout les gènes n'accumullent pas à la même vitesse les mutations. Certains gène, peu contraint par la sélection naturelle, accumulle rapidement les mutations, ils changent vite. Ils sont donc commode pour résoudre des relation de parenté récente, entre des espèces très proche. Et inversément pour des espéces ayant divergé a priori il y a longtemps. Malheureusement pour les cichlidés les divergences sont souvent trop récente et on a du mal à trouver des gènes donnant le bon signal. On progresse par tatonement, mais si on prends l'exemple des cichlidé du Victoria qui est un vrai casse tête, on commence à avoir un aperçus assez fiable de l'histoire évolutive.

Tout le probleme est la. N'ayant pas encore une bonne connaissance de quelle "cible" choisir en fonction du laps de temps que l'on souhaite examiner avec cette methode, reflexion et tatonnements sont de mise. D'ou l'importance de ce "referentiel" que l'on se doit de choisir. Je m'explique (en simplifiant). Laps de temps vaste -> sequences d'ADN peu ou tres peu polymorphes (= genes subissant une forte pression evolutive). Inversement, laps de temps court -> sequences polymorphes (sequences intergeniques, genes subissant un faible pression evolutive).



Hors sujet: au niveau sequencage de genomes, qu'y a-t-il de fait/prevu au niveau cichlidé ? J'ai decroché depuis un bon bout de temps (depuis la sortie du genome de la drosophile, pour dire...).



A+

STC.

STC. a écrit :

John78 a écrit :


Je passe sur cette nouvelle provocation inutile. Tu parles d'un consensus.....

Gentille provoc, j'avoue. geneticien de formation, je n'ai pas pu resister :wink:.

De toutes façons, le propos n'était pas au dénigrement des techniques moléculaires (au contraire). Quant au consensus, il concerne le fait que nous soyons d'accord sur la complémentarité des méthodes d'investigation. Ce qui ne signifie pas pour autant renoncer à ses préférences.

Tout les gènes n'accumullent pas à la même vitesse les mutations. Certains gène, peu contraint par la sélection naturelle, accumulle rapidement les mutations, ils changent vite. Ils sont donc commode pour résoudre des relation de parenté récente, entre des espèces très proche. Et inversément pour des espéces ayant divergé a priori il y a longtemps. Malheureusement pour les cichlidés les divergences sont souvent trop récente et on a du mal à trouver des gènes donnant le bon signal. On progresse par tatonement, mais si on prends l'exemple des cichlidé du Victoria qui est un vrai casse tête, on commence à avoir un aperçus assez fiable de l'histoire évolutive.

Tout le probleme est la. N'ayant pas encore une bonne connaissance de quelle "cible" choisir en fonction du laps de temps que l'on souhaite examiner avec cette methode, reflexion et tatonnements sont de mise. D'ou l'importance de ce "referentiel" que l'on se doit de choisir. Je m'explique (en simplifiant). Laps de temps vaste -> sequences d'ADN peu ou tres peu polymorphes (= genes subissant une forte pression evolutive). Inversement, laps de temps court -> sequences polymorphes (sequences intergeniques, genes subissant un faible pression evolutive).

Moi, je voyais plutôt le problème dans l'autre sens, mais peut-être pourrez-vous m'éclairer. Le polymorphisme génétique risque de paraître très important au sein d'une espèce ou d'un taxon de rang supérieur ancien, alors qu'il n'a pratiquement pas évolué. Si j'ai bien compris, la pression de sélection dont vous parlez est une pression de non-évolution, et elle ne concerne que les gènes dont l'expression est importante, et pas le matériel génétique superflu.



En conséquence, l'étude de ce matériel génétique superflu risque d'exagérer l'importance d'une divergence au sein d'un taxon évolutivement très stable, alors qu'un autre, en pleine explosion évolutive, ne présentera que peu de divergences, qui seront concentrées sur des gènes importants. Ceux-ci seront, au contraire, soumis à une forte pression d'évolution. Toute la difficulté est de les repérer.



C'est ainsi que les cichlidés néotropicaux présentent beaucoup plus de polymorphisme génétique que les africains du fait de leur ancienneté (y compris au sein d'une même espèce), alors que ces derniers ont été soumis à beaucoup plus de processus de diversification du fait de la grande instabilité géologique de leur continent. C'est là qu'on voit qu'on ne peut pas mesurer l'évolution et classer les animaux uniquement en termes de variabilité du matériel génétique. Les études moléculaires peuvent aider à repérer les dichotomies, une fois résolus les problèmes de référentiel, mais pas à évaluer l'importance des processus évolutifs, à moins de les corréler avec les caractères.

C'est ainsi que les cichlidés néotropicaux présentent beaucoup plus de polymorphisme génétique que les africains du fait de leur ancienneté (y compris au sein d'une même espèce), alors que ces derniers ont été soumis à beaucoup plus de processus de diversification du fait de la grande instabilité géologique de leur continent. C'est là qu'on voit qu'on ne peut pas mesurer l'évolution et classer les animaux uniquement en termes de variabilité du matériel génétique. Les études moléculaires peuvent aider à repérer les dichotomies, une fois résolus les problèmes de référentiel, mais pas à évaluer l'importance des processus évolutifs, à moins de les corréler avec les caractères.

oui OK avec toi. La bio mol a ses limites.

A propos de referentiel justement, choisir un gene intervenant dans la coloration melanique des sujets par exemple peut etre (AMHA) un mauvais choix pour reperer les tres proches "cousins" car possibilite d'un important polymorphisme au sein meme d'une population bien etablie et "stabilisée". Par contre, je crois que ce qui est sous-entendu dans tous nos propos sur les etudes genetiques est que ce n'est pas sur un seul gene que les etudes comparatives se basent, se serait trop facile :wink:.

D'autres niveaux de comparaison sont possible. par exemple l'etude des genes homeotiques (impliqués dans la mise en place generale des organes internes et externes) donnent de bonnes indications car fortement conservé du nematode a l'homme. Mais ces genes sont regroupés en complexes (ils sont ensembles, tres proches les uns des autres sur le meme chromosome). l'etude de cette organisation en complexe amene d'autres informations. c'est encore un autre niveau d'analyse qui utilise comme referentiel une echelle plus grande: on est plus a la paire de base pres ni au gene mais au(x) groupe(s) de genes.



Pour finir, il est clair pour les intervenants de ce thread, et c'est rassurant, que la bio mol/genet se doit etre complementée par les etudes plus classiques qu'elle soit anatomique, comportementale ou autre (et inversement !).



A+

STC.



[ Ce Message a été édité par: STC. le 21-03-2003 08:17 ]

salut,



Moi j´ai appris pas mal de choses en suivant ces discussions concernant les différentes méthodes d´investigation du vivant.



Beaucoup d´intervenants font partie de l `A.F.C...et je me demande si cette discussion intéressante ne pourrait pas faire l´objet d´un article pour la RFC..Qu en pensez-vous ?

Patapon a écrit :
Beaucoup d´intervenants font partie de l `A.F.C...et je me demande si cette discussion intéressante ne pourrait pas faire l´objet d´un article pour la RFC..Qu en pensez-vous ?

Tu dévoues? Ce serait bien plutôt pour l'An Cichlidé 3, vu qu'il serait difficile de traiter le sujet en quelques pages de la RFC, et que ça s'adresse plus à un public averti.



En ce qui me concerne, j'ai déjà prévu depuis plusieurs mois de faire un résumé d'une étude sur l'ancienneté des cichlidés. Il en est sorti une il y a peu qui concilie leur répartition gondwanienne, qui ne semblait s'expliquer que par une origine crétacée (une thèse que j'ai défendue comme étant la plus probable dans l'AC1). Or, une étude moléculaire bien ciblée parce que menée par quelqu'un de très versé en zoogéographie, démontre qu'en toutes probabilités, l'origine des cichlidés est cénozoïque, avec arguments très convaincants à l'appui. Je me suis rangé à leurs arguments dès que je l'ai lue, alors que j'étais sceptique en lisant toutes les argumentations antérieures, qui ne reposaient que sur l'ancienneté des fossiles connus.



Comme quoi, je ne fais absolument pas de l'opposition systématique au moléculaire (n'est-ce pas, John), bien au contraire. Je me contente de souhaiter que ces études soient menées conjointement ou en parallèle avec des spécialistes d'autres disciplines. Et je précise que cette opinion que je vous livre n'est pas d'aujourd'hui, d'ailleurs, ça fait plusieurs mois que j'ai informé R. Allgayer de mon intention de faire ce résumé, parce que je voulais m'assurer que Geerts n'allait pas le faire aussi de son côté, pour ne pas faire les choses en double. Mais je n'ai pas commencé, je n'arrive pas à dégager du temps. C'est pour ça que si, de votre côté, il y en a un qui veut faire une synthèse sur les méthodes moléculaires, leurs avantages, leurs limites, leurs objectifs, etc., qu'il n'hésite pas. Si c'est bien synthétisé, émaillé d'exemples concrets sur les cichlidés, ça intéressera certainement du monde.

je ne peux pas me devouer à cette ècriture car je n´ai pas les "épaules" pour ca.



J´aimerai simplement lire un article synthétique, vulgarisé (ou avec un glossaire)sur les différentes méthodes que l on met en oeuvre pour mieux connaitre nos chers cichlidés et leur èvolution. Je suis sur que cela n interressait pas que public "averti"

Salut,

ben c'est quelque chose que j'ai en tête depuis quelques temps, mais je pense pas passer par la RFC, mais plutot faire un site internet de vulgarisation. J'y présenterai des articles de recherche d'une manière plus simple et j'espère plus accessible pour monsieur tout le monde. Mais j'ai aussi l'intension d'y parler de modèles différents des cichlidés car je souhaite plus faire comprendre aux gens ce qu'est réellement l'évolution et leur donner un autre regard sur la vie en général. Mais bon, là je faisais que de la biblio à longueur de journées, pas évident de vouloir encore en faire le soir... je préférais me faire un DVD ou jouer à Diablo II... personne n'est parfait. Je vais tacher de m'y atteler plus sérieusement d'ici quelques semaines.

Séb

Séb_59 a écrit :
je préférais me faire un DVD ou jouer à Diablo II... personne n'est parfait. Je vais tacher de m'y atteler plus sérieusement d'ici quelques semaines.

Séb

Il n'est pas souhaitable d'être "parfait", comme tu dis. C'est salutaire pour l'esprit d'avoir plusieurs centres d'intérêts, y compris ludiques. Mais je préfère les simulations automobiles. En ce moment, j'ai terminé NFS (ou plutôt, je suis coincé sur un bug), et je souffre pour passer le niveau intermédiaire de C. McRae 3. A quand Unreal Tournament en réseau sur le "Chat" de Cichlidsforum? Je crois qu'il y en a qui prendraient un gros plaisir à subir des mutations génétiquement incontrôlées et à pulvériser leurs adversaires à coup de bazooka atomique.



Pour en revenir à notre sujet -sinon, on va encore m'expédier dans le bar, et on aura raison1-, ton projet n'est pas incompatible avec une publication dans l'AC3, ton matériau pourra resservir.

Je joue à QIII moi

AGA a écrit :


Je joue à QIII moi

Connais pas, c'est quel genre?



D'ailleurs, je me suis vanté, pour Unreal. Je n'y ai joué que 2-3 fois en réseau, et je me suis fait latter piteusement (- 18 ou 20 vies, dont 3 ou 4 suicides; la honte)...



Mais méfie-toi, tu es bien placé pour savoir que "la roche Tarpéienne est proche du Capitole", ou, en langage Cichlidsforum, la rubrique "Systématique" est à deux pas du "bar" -on se demande bien pourquoi...

Un petit peu de vulgarisation:

ADN ribosomale: c'est l'ADN contenu dans un ribosome. Un ribosome est une struture faite de deux sous-unités composées d'ADN et de protéine auto-assemblées. Un ribosome "lit" l'ARN dans le cytoplasme des cellules et place l'acide aminé correspondant au codon lu. Il catalyse l'attachement du nouvel acide aminé au reste du peptide (qui deviendra protéine). On le compare vulgairement à une tête de lecture, comme sur un tourne-disque...

Cytochrome b: il s'agit d'une enzyme de la chaine respiratoire, contenue dans les mitochondries et qui permet le cheminement des électrons.Il intervient donc dans la fabrication de l'ATP, le combustible universelle de la cellule vivante. On s'interesse à lieu dans ce cas parce-que c'est une protéine constitutive de la mitochondrie, donc héritée en droite ligne de la mére sans intervention du brassage (méiose) à la formation des gamètes (ovules et spermatozoïdes).

Attention, tous les lecteurs de ce forum ne sont pas généticiens....Un peu d'explications peut faire avancer le débat!!

Quake III ? Unreal ??? hooooouuuuiiiiiii ! que c'est bon !!!!! là je me transforme en marsupilami sanguinaire un bazouka dans une main, le canon à plasma dans l'autre et le fusil à pompe sur la queue !!!!! yaaahooooooooo !!!!!!! z'va tuer tout le monde sur CF ce soir !!!! lol lol lol lol lol :gun:

Bonjour



Pour information, une ébauche de séquencage d'un génome complet d'un haplo du Victoria (H. Chilotes) a été annoncé par une équipe académique Japonaise.





Voici le résumé de l'article :





"Construction of a BAC library for Haplochromis chilotes, a cichlid fish from Lake Victoria.









Watanabe M, Kobayashi N, Fujiyama A, Okada N.

Graduate School of Bioscience and Biotechnology, Tokyo Institute of Technology.





Cichlid fishes in Lake Victoria are model organisms for studying rapid radiation and speciation. On the way to examine the molecular basis of how these cichlid fishes achieved such a remarkable morphological diversification, we constructed a bacterial artificial chromosome (BAC) library derived from a cichlid species, Haplochromis chilotes, from Lake Victoria. The library includes 157,056 clones with the average insert size of 128 kb, corresponding to a 10-fold coverage of the H. chilotes genome. Given that the cichlid fishes endemic to Lake Victoria are closely related to one another phylogenetically and their genomes are nearly identical, this BAC library can be utilized to isolate genes from the more than 200 Haplochromine cichlid species in Lake Victoria."







A+

John

Intéressant, mais quel est le principe de cette "BAC library"? On utilise des bactéries pour répliquer et stocker un génome?

Salut Patrick



En gros celà permet d'obtenir un grand nombre de "morceau" d'ADN de grande taille, (ADN codant pour des gènes ou non), obtenu aléatoirement que l'on peut séquencer. Le génome n'est pas complet, car il manque des parties et les BAC ne peuvent pas etre assemblée les unes avec les autres comme des "domino" en quelques sortes (il manque des "jointures" plus ou moins grandes).



L'interet c'est que l'on peut ensuite creer des amorces spécifiques d'un gène et aller pécher ce gène chez plein d'autres espèces pour les compares.



Toujours pour info il y a un article dans la revue Science de ce mois sur l'évolution du stock d'Haplochromini du Victoria basée sur des études moléculaires. Dès que j'ai le PDF je le ferais savoir.



A+

John

OK, merci pour les informations. Si j'ai bien compris, cette méthode fonctionne comme une loupe grossissante, sauf qu'on ne peut pas assembler toutes les "images" obtenues (les séquences de gènes) faute de pouvoir les situer les unes par rapport aux autres et de trouver les jointures.

J'ai finalement développé un petit extracteur de topics.

voici le premier essai pour Patapon.

MERCI

Sympa cette lecture, si j'ai bien compris c'est grace à l'ADN mitonchondrial que l'on peut voir les filiations maternelles et donc en partie la phylogénie par les lignées maternelles?
Chris

Je viens de tout relire, et :??: :bounce: :silly: ça laisse des traces !!!

Je voulais juste savoir où en sont les idées d'articles (je ne suis plus à l'AFC donc je n'ai pas lu l'AC3.
J'ai également vu l'idée d'un site de vulgarisation, SEB_59 ?

Euh... ça n'a pas beaucoup bougé, rien dans l'An Cichlidé (on approche de la parution du 7). Tu as exhumé un vieux sujet qui date de l'époque faste où il se passait tous les jours quelque chose sur ce forum.

j'ai commis un ersatz sur les méthodes d'études des cichlidés dans un an cichlidé. Les avantages et les problèmes de fond de la biologie moléculaire n'ont pas été abordés.