France Cichlid Forum

Hello!!
Cela vient de sortir!!

Říčan, O, R Zardoya & I Doadrio, 2008. Phylogenetic relationships of Middle American cichlids (Cichlidae, Heroini) based on combined evidence from nuclear genes, mtDNA, and morphology. Molecular Phylogeny and Evolution 49: 941–957.

Abstract

Heroine cichlids are the second largest and very diverse tribe of Neotropical cichlids, and the only cichlid group that inhabits Mesoamerica. The taxonomy of heroines is complex because monophyly of most genera has never been demonstrated, and many species groups are without applicable generic names after their removal from the catch-all genus Cichlasoma (sensu Regan, 1905). Hence, a robust phylogeny for the group is largely wanting. A rather complete heroine phylogeny based on cytb sequence data is available [Concheiro Pérez, G.A., Říčan O., Ortí G., Bermingham, E., Doadrio, I., Zardoya, R. 2007. Phylogeny and biogeography of 91 species of heroine cichlids (Teleostei: Cichlidae) based on sequences of the cytochrome b gene. Mol. Phylogenet. Evol. 43, 91–110], and in the present study, we have added and analyzed independent data sets (nuclear and morphological) to further confirm and strengthen the cytb-phylogenetic hypothesis. We have analyzed a combined cytb-nuclear (RAG1 and two S7 introns) data set of 48 species representing main heroine lineages to achieve further resolution of heroine higher taxonomic levels and a combined cytb-morphological data set of 92 species to stabilize generic taxonomy. The recovered phylogenies supported the circumamazonian—CAM—Heroini (sensu Concheiro Peréz et al., 2007) as a monophyletic group, that could be divided into six main clades: (1) australoheroines (the southernmost heroine genus Australoheros), (2) nandopsines (the Antillean genus Nandopsis), (3) caquetaines (including the north western Amazonian genera Caquetaia and Heroina), (4) astatheroines (including Astatheros, Herotilapia and Rocio), (5) amphilophines (including Amphilophus and related genera), and (6) herichthyines (including Herichthys and related genera). Nuclear and mitochondrial data partitions arrived at highly congruent topologies. Suprageneric relationships were influenced mainly by the nuclear signal, as well as the most basal phylogenetic position of Australoheros within CAM heroines. The new phylogeny of the tribe Heroini provides robust framework to stabilize the taxonomy of the group and for future comparative studies on these morphologically and ecologically diverse freshwater fishes. Morphology was mostly informative at the genus level and aid in determining the monophyly and composition of heroine genera. Upon acceptance of all putative genera, as recovered in this study, the Heroini would be with 35 genera the most genus-rich clade of Neotropical cichlids.


A++
Yann

je suis preneur du pdf. Merki!

hello

moi aussi ! moi aussi ! :lol:

Merci !

si une personne charitable pourrai nous faire un bref compte rendu après sa lecture ,je le remercierai énormément
trop costaud pour moi la en anglais :roll:

P. a écrit : ya de quoi se prendre la tête !!!

la systématique et la phylogénie ne sont pas toujours simples... le cas des cichlidés centr-américains est très complexe

P. a écrit :un nouveau nom de gnere pour le sieboldi dont je n'ai vu la description officielle nulle part

où as tu vu ça dans l'article ?

P. a écrit :, et pas mal de truc très "strange".

par exemple ? un truc strange ne veut pas dire mauvais, c'est strange seulement parce qu'on a encore du mal à comprendre comment ce groupe a évolué.

P. a écrit :Bref, une fois de plus, je ne pense pas que les études moléculaires soient encore réellement très fiables.

tu as le droit de douter, mais comprends tu tout le travail de ces chercheurs ? le problème n'est pas la fiabilité des outils moléculaires, mais plus l'interprétation des résultats qui peut être complexe. Comme les auteurs le soulignent dans l'article, c'est plus le manque de données (manque des taxons clés en particulier) qui pose problème. Sans oublier que l'on n'a peut-être pas un arbre classique d'espèces, mais un réseau (introgressions-hybridations).
je résumerai les résultats des auteurs un peu plus tard.
Séb

si ils pouvaient mettre un peu d'ordre également chez les Cryptoheros et notament le complexe spirulus ça serait bien sympas...., à force on ne sait meme plus ce que l'on a.. ( spirulus, chetumalensis, autre chose ? , sous espèce ? , nouvelle espèce ? simple variante de coloration suivant l'origine géographique etc etc)

bagadou, ça serait possible de me l'envoyer aussi stp ?

Bien reçu merci

je ne vois pas de tableau page 944. Si tu parles de 'Heros' sieboldi, c'est le genre utilisé lors de la description originale.

http://research.calacademy.org/research ... spid=38155

les auteurs ont probablement préféré utiliser 'Heros' entre guillemets à défaut d'avoir mieux à proposer pour cette espèce.
Séb

merci!

Séb_59 a écrit :je ne vois pas de tableau page 944. Si tu parles de 'Heros' sieboldi, c'est le genre utilisé lors de la description originale.

http://research.calacademy.org/research ... spid=38155

les auteurs ont probablement préféré utiliser 'Heros' entre guillemets à défaut d'avoir mieux à proposer pour cette espèce.
Séb

il est écrit Talamancaheros sieboldii en effet.

Salut,
visiblement c'est une erreur typographique. C'est le seul endroit où apparait ce nom. Talamanca étant un canton du Costa Rica. Au moins, on sait où ils ont pêché leur sieboldii maintenant
Séb

juste une petite rectification, la revue c'est Molecular Phylogenetics and Evolution

et puis pour rebondir un peu sur la discussion des soit disant chercheur moléculaire qui ne connaissent pas les poissons il ne faut pas déconner (avec tout le respect que j'ai pour vous P.). Le fait que le moléculaire remue un peu les idées que l'on se fait ne remet pas en cause les résultats obtenus. Lire une publi scientifique et critiquer les résultats alors même que l'on ne maitrise les techniques utilisées c'est pas ce qu'on fait de mieux.

Sinon très gros boulot de systématique et une analyse pas facile (c'est pour cela que seb_59 a tout à fait raison il ,manque de nombreuses espèces clés qui pourraient affiner un peu la réflexion)

storel a écrit :juste une petite rectification, la revue c'est Molecular Phylogenetics and Evolution

et puis pour rebondir un peu sur la discussion des soit disant chercheur moléculaire qui ne connaissent pas les poissons il ne faut pas déconner (avec tout le respect que j'ai pour vous P.).

Ben j'en ai connu et connais certains qui n'ont vu de leurs poissons que des bouts de bidoches… et c'est assez édifiant quand on demande à regarder les bestioles sur lesquelles ils ont bossé. pas mal d'erreurs de détermination…

storel a écrit :Le fait que le moléculaire remue un peu les idées que l'on se fait ne remet pas en cause les résultats obtenus. Lire une publi scientifique et critiquer les résultats alors même que l'on ne maitrise les techniques utilisées c'est pas ce qu'on fait de mieux.

Sinon très gros boulot de systématique et une analyse pas facile (c'est pour cela que seb_59 a tout à fait raison il ,manque de nombreuses espèces clés qui pourraient affiner un peu la réflexion)

c'est clair. mais le moléculaire reste une panoplie d'outils. Il faut vraiment ajouter d'autres aspects pour une vision plus synthétique et, surtout, ne pas laisser de coté la connaissance du terrain.

tout à fait d'accord il faut que ce soit complémentaire mais il faut pas d'apriori d'un des domaines sinon c'est un dialogue de sourd (et je suis bien placé pour en parler!!)

storel a écrit :tout à fait d'accord il faut que ce soit complémentaire mais il faut pas d'apriori d'un des domaines sinon c'est un dialogue de sourd (et je suis bien placé pour en parler!!)

(moi aussi) et c'est clair que le multidisciplinaire est, maintenant, indispensable, si on veut aller plus loin dans la compréhension

moi, ce qui me surprends, c'est que vous soyez tellement sûr des outils moléculaires et ainsi que des outils statistiques.....vous ne doutez que sur les interprétations et des résultats...

Utiliser les calculs en parcimonie implique déjà des a priori

de la synthèse d'outils et des confrontations de protocoles et de méthodes, bordel!!

mais tout à fait d'accord avec vous sur le fait qu'il ne faut pas prendre pour argent comptant ce qu'une analyse moléculaire peu donner comme tendance sur l'évolution des espèces et des relations qui existent entre elles, ce n'est pas un système de référence je le conçois.

Mais dans le même sens je ne considère pas que la description uniquement sur des caractères visibles soient une systématique fiable à 100%.

Pour exemple, je fais des études de systématique et de taxonomique sur les champignons et je peux vous assurer que la description de terrain peu dans beaucoup de cas être problématique. Et je pense que pour les poissons c'est pas beaucoup plus simple.

storel a écrit :mais tout à fait d'accord avec vous sur le fait qu'il ne faut pas prendre pour argent comptant ce qu'une analyse moléculaire peu donner comme tendance sur l'évolution des espèces et des relations qui existent entre elles, ce n'est pas un système de référence je le conçois.

Mais dans le même sens je ne considère pas que la description uniquement sur des caractères visibles soient une systématique fiable à 100%.

Pour exemple, je fais des études de systématique et de taxonomique sur les champignons et je peux vous assurer que la description de terrain peu dans beaucoup de cas être problématique. Et je pense que pour les poissons c'est pas beaucoup plus simple.

Chic ! Un Romain tout neuf ! (eût dit Obélix). On va enfin recommencer à s’étriper sur les problèmes de nomenclature !

Cela dit, bienvenue, Storel, il ne faut pas faire attention au caractère bouillant de P., quand il ne râle que comme ça, c’est qu’il est de bonne humeur, en fait.

Je n’ai pas lu in extenso la publication, mais à vue de nez –faste, de par mon atavisme -, je suis mitigé. Il est vrai que ce n’est pas qu’une étude de bio-mol. de plus, c’est une tentative de conciliation des différentes approches, ce qui est en soi la bonne méthode. Mais je reste un peu circonspect sur les résultats obtenus. Sans connaître très bien les centre-américains, j’ai quand même l’impression que certaines conclusions sont un peu choquantes. Bien sûr, il est tout à fait possible que les auteurs aient raison contre les apparences, mais je ne suis pas bien sûr qu’ils aient bien raison de plastronner dans leur conclusion.

Plus généralement, en ce qui concerne les approches moléculaires, l’époque ou les molécularistes qui ne connaissaient rien à l’histoire naturelle des espèces étudiées, qui ne voyaient les choses que par leur petit bout de lorgnette et qui considéraient avec une condescendance dédaigneuse les naturalistes « classiques » est heureusement révolue. La complémentarité des approches est maintenant de mise. Mais personnellement, je reste sur l’idée que les approches moléculaires doivent servir soit de simple révélateur (en cas de grosse fausse route), soit de pis-aller, et que leurs conclusions doivent être entérinées par des observations sur des caractères visibles. Pour la bonne et simple raison que je pense que les caractères exprimés ont plus d’importance que ceux qui peuvent être présents dans le génome, par résurgence, par introgression, contamination virale, ou que sais-je (je ne suis pas spécialiste), mais qui ne s’exprimeront jamais. Donc, ça me choque toujours de voir des taxons définis sur une particularité d’une molécule non observable ou non détectable par l’organisme lui-même (odorat), au moins quand il y a moyen de faire autrement. En mycologie, où on est davantage dans le domaine microscopique, c’est probablement plus concevable.

A titre d’indication, depuis quelques années, la mode est à la « découverte » de nouvelles espèces de mammifères même parmi les grandes. Presque chaque fois que je crois qu’on a vraiment trouvé une nouvelle espèce d’un gros mammifère (par exemple, tout récemment, un nouveau dauphin à gros bec du genre Tursiops), je me rends compte qu’il s’agit juste d’une espèce « génétique », une population connue à laquelle on décide de donner un rang spécifique pour cause d’éloignement génétique. Pour moi, une distance génétique ne déterminera jamais une espèce ou quelque taxon que ce soit. Deux taxons peuvent être extrêmement proches génétiquement et avoir considérablement divergé dans leur comportement, leur morphologie, leur écologie…, alors que d’autres peuvent présenter une forte variabilité génétique et ne pas avoir franchi une barrière telle que celle de la ségrégation sexuelle spécifique. Mais heureusement, les mammalogistes aussi cherchent maintenant à étayer leurs « espèces génétiques » par des caractères externes qui auraient été sous-estimés. C’est parfois convaincant, parfois, on a plutôt l’impression que ce sont eux qui les surestiment, et qu’on ne fait que rejouer l’éternel balancement entre diviseurs et rassembleurs, et que la bio-mol. n’y sert que de prétexte de modernité.

Merci Hulk pour ces petites précisions et effectivement les biologistes moléculaires à ce jour sont pluridisciplinaires et heureusement. C'est pour cette raison que j'avais besoin de remettre les choses à leur place car on voit dans de nombreux forums des attaques sur la sois disant médiocrité de connaisances des molécularistes vis à vis des espèces qu'ils étudient. Je pense comme toi qu'effectivement la séquence d'un gène en lui même n'explique pas toujours ce qui est visible à proprement parler, mais elle reflète quand même un passif qu'il est difficile d'omettre.

Une phrase néanmoins m'interpelle c'est lorsque que tu souligne le fait que deux taxons peuvent être proche génétiquement (donnée tout à fait relative en ce qui concerne le terme de proximité) et que l'on note une divergence comportementale, morphologie et écologie, si tu considères que c'est seul particularités permette de ségréger les deux taxons en deux espèces c'est un peu délicat. Si on suis ce raisonnement certains êtres humains ne ferait plus partie de la même espèces (vaste débat).

Mais j'ai rien contre P. je suis un fervent admirateur de ses frasques et de son franc parler.

storel a écrit : Une phrase néanmoins m'interpelle c'est lorsque que tu souligne le fait que deux taxons peuvent être proche génétiquement (donnée tout à fait relative en ce qui concerne le terme de proximité) et que l'on note une divergence comportementale, morphologie et écologie, si tu considères que c'est seul particularités permette de ségréger les deux taxons en deux espèces c'est un peu délicat. Si on suis ce raisonnement certains êtres humains ne ferait plus partie de la même espèces (vaste débat).

Non pas la seule, mais la principale. C'est la seule acception de l'espèce dont je trouve qu'elle corresponde à quelque chose de concret, en fait (les anciennes notions telles que l'interfertilité sont totalement inadaptées). Mais même comme ça, comme les barrières comportementales ne sont pas suffisamment hermétiques (des espèces aussi différentes que le tigre et le lion peuvent s'hybrider naturellement, alors qu'il ne fait aucun doute qu'on pourrait presque les mettre dans des genres différents), la notion de ségrégation sexuelle a besoin d'un certain "calibrage". Ce calibrage n'a jamais été proposé officiellement, à ma connaissance, mais à vue de nez (que j'ai faste, je me répète), on peut considérer qu'au-delà de 80-90 % -dans les populations les plus typiques, parce qu'il y a des cas plus diffus-, on peut dire qu'elle est effective.

Il est vrai que du coup, ça pose un problème pour les races humaines, qui étaient des espèces en devenir, et pour lesquelles le processus de dé-spéciation est en marche. D'où le fait que je m'insurge contre la description abusive d'espèces là où des sous-espèces seraient plus judicieuses. Chez les cichlidés, en particulier, on en voit fleurir ces dernières années, sans même qu'il y ait la moindre notion de préférence sexuelle. Le moindre petit détail doublé d'un isolement géographique semble suffisant pour une majorité d'auteurs. Dans ce cas, en prenant le même degré de liberté, on peut considérer qu'avant les migrations des caucasoïdes européens des derniers siècles, pratiquement chaque île ou continent isolé abritait son espèce humaine, ce qui n'est pas le cas.

Hulk a écrit :

storel a écrit : Une phrase néanmoins m'interpelle c'est lorsque que tu souligne le fait que deux taxons peuvent être proche génétiquement (donnée tout à fait relative en ce qui concerne le terme de proximité) et que l'on note une divergence comportementale, morphologie et écologie, si tu considères que c'est seul particularités permette de ségréger les deux taxons en deux espèces c'est un peu délicat. Si on suis ce raisonnement certains êtres humains ne ferait plus partie de la même espèces (vaste débat).

Non pas la seule, mais la principale. C'est la seule acception de l'espèce dont je trouve qu'elle corresponde à quelque chose de concret, en fait (les anciennes notions telles que l'interfertilité sont totalement inadaptées). Mais même comme ça, comme les barrières comportementales ne sont pas suffisamment hermétiques (des espèces aussi différentes que le tigre et le lion peuvent s'hybrider naturellement, alors qu'il ne fait aucun doute qu'on pourrait presque les mettre dans des genres différents), la notion de ségrégation sexuelle a besoin d'un certain "calibrage". Ce calibrage n'a jamais été proposé officiellement, à ma connaissance, mais à vue de nez (que j'ai faste, je me répète), on peut considérer qu'au-delà de 80-90 % -dans les populations les plus typiques, parce qu'il y a des cas plus diffus-, on peut dire qu'elle est effective.

Il est vrai que du coup, ça pose un problème pour les races humaines, qui étaient des espèces en devenir, et pour lesquelles le processus de dé-spéciation est en marche. D'où le fait que je m'insurge contre la description abusive d'espèces là où des sous-espèces seraient plus judicieuses. Chez les cichlidés, en particulier, on en voit fleurir ces dernières années, sans même qu'il y ait la moindre notion de préférence sexuelle. Le moindre petit détail doublé d'un isolement géographique semble suffisant pour une majorité d'auteurs. Dans ce cas, en prenant le même degré de liberté, on peut considérer qu'avant les migrations des caucasoïdes européens des derniers siècles, pratiquement chaque île ou continent isolé abritait son espèce humaine, ce qui n'est pas le cas.

Et bien, il y a aussi une autre raison de la recrudescence des "splitters", qui, est, malheureusement, purement politique… Outre le fait de la multiplication des articles donc pour ce "fameux" "citation index", il y a aussi le fait que les "politiques" ne vont rien faire pour une sous-espèce mais vont agir pour une espèce. En augmentant ainsi le nombre d'espèces en dépit des sous-espèces, on augmente la biodiversité d'une région… et donc on peut peser plus dans les dialogues politiciens…
Je sais, c'est bien triste… :cry:

salut
et plus on publie, et plus on est cité, et plus on peut espérer obtenir de l'argent de la machinerie gouvernementale (nationale ou européenne) pour faire avancer ces projets.
Lau.

Je suis bien loin d'être un spécialiste mais parfois je me demande si sur certaines espèces on n’a pas plus tendance que chez d'autre à vouloir créer des espèces et des sous-espèces.

Je m'explique, on cherche toujours à différencier les cichlidés en espèces et sous-espèces, à tord ou à raison je me garderais d'en juger.
Par contre si vous comparez une truite Salmo trutta fario de Bretagne et une d'une petite rivière de montagne dans les Alpes elles appartiennent à la même sous-espèce et pourtant j'ai bien l'impression qu'elles ont plus de différances entre elles que parfois deux espèces différentes de Cichlidés.

Voilà c'est peut-être juste une impression, ce n'est basé sur rien de vraiment scientifique, mais j'aimerais bien avoir votre avis là-dessus.

et au niveau du gout romain ?