[Séb_59]

Salut,
pour ceux que ça intéresse, c'est pas encore paru, mais presque....
Séb


in press in Molecular Ecology (special issue sometime in 2004)

Using Nuclear Haplotypes with
Microsatellites to Study Gene Flow
Between Recently Separated Cichlid Species

JODY HEY*, YONG-JIN WON*, ARJUN SIVASUNDAR*, RASMUS NIELSEN? and
JEFFREY A. MARKERT?

*Department of Genetics, Rutgers the State University of New Jersey, Piscataway, NJ 08854
USA, ?Department of Biological Statistics and Computational Biology, Cornell University,
Ithaca, NY 14853-780, USA, ? Department of Biological Sciences, University of Cincinnati,
Cincinnati, OH 45221, USA
KEYWORDS: Speciation, Microsatellites, STR, Markov chain Monte Carlo,
Cichlid, gene flow, phylogeography, sympatric speciation
Correspondence: J. Hey E-mail hey@biology.rutgers.edu


Abstract
When populations or species have recently separated they often share genetic
variation. However it can be difficult to determine whether shared polymorphisms are the result of gene flow, or to the persistence of variation in both populations since the time of common ancestry, or to both. We have developed an empirical protocol for using loci that include unique nuclear DNA sequence haplotypes together with linked microsatellites or short tandem repeats (STRs). These ?HapSTRs? offer the potentially high resolution associated with the high mutation rate of STRs, together with the advantages of low homoplasy of unique sequence DNA. We also describe a new procedure for estimating the likelihood of HapSTR data under an Isolation with Migration model. An example using 2 Cichlid fishes from Lake Malawi is described. The analysis suggests that the species have been exchanging genes since the time they began to diverge.

[samaki]

Hello Seb, intérréssant y a t'il possibilité que tu l'envois en pdf?

merci d'avance
Chris :wink:

[J-S]

voir si c'est libre de diffusion qu'on le mette en lien propre dans ce topic.

[olive]

voir si c'est libre de diffusion qu'on le mette en lien propre dans ce topic.

et que quelqu'un traduise tout ça en français

[Curcu]

Abstract
When populations or species have recently separated they often share genetic
variation. However it can be difficult to determine whether shared polymorphisms are the result of gene flow, or to the persistence of variation in both populations since the time of common ancestry, or to both. We have developed an empirical protocol for using loci that include unique nuclear DNA sequence haplotypes together with linked microsatellites or short tandem repeats (STRs). These ?HapSTRs? offer the potentially high resolution associated with the high mutation rate of STRs, together with the advantages of low homoplasy of unique sequence DNA. We also describe a new procedure for estimating the likelihood of HapSTR data under an Isolation with Migration model. An example using 2 Cichlid fishes from Lake Malawi is described. The analysis suggests that the species have been exchanging genes since the time they began to diverge.

Résumé:
Quand des populations ou des espèces ont divergé récemment, elles partagent souvent des variations génétiques. Toutefois, il peut être difficile de déterminer si ce polymorphisme partagé est le résultat d'un échange de gènes [NdT: "flux de gènes" en jargon], ou la persistance dans le temps de la variation dans les deux populations à partir de l'ancètre commun, ou les deux.
Nous avons développé un protocole empirique pour utiliser des locus [NdT: petites parties du génome] qui comprennent des séquences haplotypiques [NdT: un seul des deux allèles de l'individu] uniques d'ADN nucléaire [NdT: du noyau des cellules] conjointement avec des microsatellites [NdT: (*)] liés ou des courtes répétitions en tandem (STRs). Ces "HapSTRs" offrent le potentiel de haute résolution associée au fort taux de mutation des STRs, conjointement avec l'avantage d'une faible homoplasie [NdT: ressemblance fortuite entre deux séquences qui ne sont pas des copies d'un même gène ancestral] de la séquence unique d'ADN.
Nous décrivons aussi une nouvelle procédure pour estimer la vraisemblance des données "HapStr" sous un modèle d'isolation avec migrasion [NdT: popualtions globalement distinctes, avec quelques migrants entre les deux]. Un exemple utilisant deux cichlidés du Lac Malawi est décrit. Les analyses suggèrent que ces espèces ont continué d'échanger des gènes depuis le moment où elles ont divergé.

(*) Microsatellites ou STRs: Courtes séquences d'ADN composées de répétitions successives d'un motif simple. Exemple ATATATATATATATATATAT. Le motif de base (AT) est ici répété 10 fois. Leur taux de polymorphisme (nombre d'allèles différents, ici de longueurs différentes) est élévé car le taux de mutation de leur taille est élevé.

NdT-PS: Pour les puristes, j'ai essayé de faire simple, pas forcémment hyper-rigoureux. L'objectif est que tout le monde (ou presque) puisse comprendre ...

NdT-Perso: Comme quoi, l'hybridation entre espèces très proches n'est pas forcémment contre-naturelle :wink:

Sylvain.

[ophrys]

Je ne pense pas que "Molecular Ecolgy" (excellente revue au demeurant) soit libre pour diffusion!
C'est que ça coûte cher les revues scientifiques... il suffit de voir le prix des abonnements pour les institutions!... jusqu'à 300 euro par an pour certaines!
et le prix d'un article (tiré à part, en moyenne 10 à 15 pages) jusqu'à 30 euro pour un particulier..
les pdf que l'on diffuse le sont donc illégalement..

[Gwenaël]

voir si c'est libre de diffusion qu'on le mette en lien propre dans ce topic.

Ben ouaip

[Séb_59]

Je ne pense pas que "Molecular Ecolgy" (excellente revue au demeurant) soit libre pour diffusion!
C'est que ça coûte cher les revues scientifiques... il suffit de voir le prix des abonnements pour les institutions!... jusqu'à 300 euro par an pour certaines!
et le prix d'un article (tiré à part, en moyenne 10 à 15 pages) jusqu'à 30 euro pour un particulier..
les pdf que l'on diffuse le sont donc illégalement..

je suis un peu d'accord avec toi, surtout que l'auteur, dans ce cas ci n'a pas encore le pdf de la version publiée... par contre, pour moi, les droits devraient revenir aux auteurs, et non aux revues, surtout vu le boulot réellement réalisé par leurs éditeurs. Rien de plus ennervant de voir qu'il leur faut l'article entièrement mis en page et qu'ils se contentent quasiment de faire un copier coller dans la revue. Et ceci est encore plus vrai à l'heure d'internet...
Séb
PS : il me semble bien avoir vu des revues qui coutaient bien plus de 300 euros par an...

[Séb_59]

Curcu, juste une petite remarque, en ce moment c'est la mode de montrer des hybridations dans les grands lacs. Leurs données ne font que suggérer des échanges de gènes... elles ne le démontrent pas (enfin j'ai pas encore lu l'article, j'ai préféré aller voir le retour du roi au ciné... trop géant ! :hot: ).
Séb

[Curcu]

Curcu, juste une petite remarque, en ce moment c'est la mode de montrer des hybridations dans les grands lacs. Leurs données ne font que suggérer des échanges de gènes... elles ne le démontrent pas (enfin j'ai pas encore lu l'article, j'ai préféré aller voir le retour du roi au ciné... trop géant ! :hot: ).
Séb

Heuuuu .... Comment peut-on échanger des gènes entre espèces sans hybridation ?
D'accord, ce ne sont pas des F1 observées, mais la valeur du flux de gènes, si elle est mesurable, donnerait une idée de la probabilité de fécondation interspécifique.
Et je n'ai pas dit qu'il fallait les encourager dans les bacs :wink:

Sylvain.

[samaki]

salut il y a un autre article sur l'hybridation au malawi:
Hybrid origin of cichlids population in lake Malawi: implication for genetic variation and species diversity
Peter.F.Smith, Ad Konings, Irv Kornfield
Abstract: The importance of species recognition to taxonomic diversity among lake Malawi cichlids has been frequently discussed. Hybridation- the apparent breakdown of species recognition has been observed sporadically among cichlids and has been viewed as both a constructive and a destructive force with respect to species diversity. Here we provide genetics evidence of a natural hybrid cichlid population with an unique colour phenotype and elevated level of genetic variation. We discuss the potential evolutionnary consequences of interspecific hybridization in lake Malawi cichlids and propose that the role of hybridization in generating both genetic variability and species diversity of lake Malawi cichlids warrants further consideration.
traduction:L'importance de la reconnaissance entre espèce parmi les cichlidés du lac Malawi a été fréquemment discuté. L'hybridation-L'apparente cassure(perte) de la reconnaissance entre espèce a été observé sporadiquement parmi les cichlids et a été perçu à la fois comme force constructive et destructive en regard à la diversité d'espèces.Ici nous amenons les preuves génétiques d'une population hybride naturelle avec un phenotype de couleur unique et un niveau élevé de variation génétique. Nous discutons des conséquences évolutionnaires potentielles de l'hybridation interspécifique chez les cichlidés du lac Malawi.et proposons que le role de l'hybridation en générantla variabilité génétique et la diversité d'espèces des cichlidés du lac Malawi justifie de plus amples considérations.
Chris



Ce Message a été édité par: samaki le 14-01-2004 11:55

[samaki]

salut ,dans l'article si j'ai bien compris, une population de Metriaclima à Makanjila serait issue d'une hybridation entre plusieurs formes proches . Les auteurs tirent la conclusion que l'hybridation naturelle pourrait être un des facteurs de spéciation et de la diversité génétique de ces espèces.
Chris

[samaki]

Il disent également que la variation de niveau du lac en exposant de nouveaux territoires à conquérir met en présence des espèces ou des formes qui ne se seraient peut être pas croisé sans ces fluctuations et que cela a favoriser l'hybridation entre formes proches.
Chris